為進一步規范和加強國家重點實驗室的建設和運行管理，2008年8月29日，科技部、財政部聯合發布了《國家重點實驗室建設與運行管理辦法》。
國家重點實驗室計劃從1984年開始組織實施，近年得到了快速發展，現有國家重點實驗室220個，固定人員1萬余人，儀器設備總值80多億元。在統籌部署、適度新建、定期評估、擇優支持、動態管理等創新制度的推動下，國家重點實驗室已經成為我國組織開展高水平基礎研究和前沿技術研究、聚集和培養優秀科學家、開展學術交流的重要基地，在科學前沿探索和解決國家重大需求問題方面均做出了突出貢獻。原來的《國家重點實驗室建設與管理暫行辦法》(2002年)已執行六年，得到了科技界的廣泛認同，對規范國家重點實驗室的建設和運行管理發揮了重要作用。
《國家中長期科學和技術發展規劃綱要(2006-2020年)》明確指出，“加強國家重點實驗室建設，不斷提高其運行和管理的整體水平。”為貫徹落實十七大精神和《規劃綱要》，進一步加強國家重點實驗室建設，國家從2008年起設立了國家(重點)實驗室專項經費，從開放運行、自主選題研究和科研儀器設備更新三方面，加大國家重點實驗室穩定支持的力度。設立專項經費有利于營造寬容失敗、摒棄浮躁、潛心研究的科研環境，是國家重點實驗室又好又快發展的重要保障，標志著國家重點實驗室進入了新的發展階段。專項經費的設立對國家重點實驗室的管理提出了新的要求，為適應新的形勢，在總結國家重點實驗室計劃組織實施經驗的基礎上，科技部聯合財政部對原管理辦法進行了修訂，并多次征求有關部門和國家重點實驗室代表的意見，修訂工作歷時近一年。
新的《國家重點實驗室建設與運行管理辦法》主要修訂內容包括：第一，明確提出中央財政設立專項經費，支持國家重點實驗室開放運行、科研儀器設備更新和自主創新研究。第二，針對專項經費的支持范疇，明確了自主研究課題、訪問學者制度、科研儀器設備更新和自主研制等內容的程序、要求和辦法;第三，提出實驗室的建設、運行和發展要堅持穩定支持、動態調整和定期評估的原則，并提出相應措施;第四，進一步加強對實驗室的日常管理，增加年度計劃和總結、對部分實驗室抽查等內容，建立運行管理中的“預警機制”;第五，進一步強化對學術委員會的要求，確保學術委員會發揮作用;第六，進一步強化依托單位職責，明確依托單位應優先支持實驗室發展。新的管理辦法還強調國家重點實驗室設備共享、數據共享、科學普及、成果轉化、與企業合作等內容。
科技部、財政部還將聯合制定發布《國家重點實驗室專項經費管理辦法》，規范專項經費的管理，提高資金使用效率。
附件：《國家重點實驗室建設與運行管理辦法》
國家重點實驗室建設與運行管理辦法
第一章 總 則
第一條 為貫徹落實《國家中長期科學和技術發展規劃綱要(2006-2020年)》，規范和加強國家重點實驗室(以下簡稱：重點實驗室)的建設和運行管理，制定本辦法。
第二條 重點實驗室是國家科技創新體系的重要組成部分，是國家組織高水平基礎研究和應用基礎研究、聚集和培養優秀科技人才、開展高水平學術交流、科研裝備先進的重要基地。其主要任務是針對學科發展前沿和國民經濟、社會發展及國家安全的重要科技領域和方向，開展創新性研究。
第三條 重點實驗室實行分級分類管理制度，堅持穩定支持、動態調整和定期評估。
第四條 重點實驗室是依托大學和科研院所建設的科研實體，實行人財物相對獨立的管理機制和“開放、流動、聯合、競爭”運行機制。
第五條 中央財政設立專項經費，支持重點實驗室的開放運行、科研儀器設備更新和自主創新研究。專項經費單獨核算，專款專用。
第六條 國家各級各類科技計劃、基金、專項等應按照項目、基地、人才相結合的原則，優先委托有條件的重點實驗室承擔。
第二章 職 責
第七條 科學技術部(以下簡稱科技部)是重點實驗室的宏觀管理部門，主要職責是：
1.制定重點實驗室發展方針和政策，宏觀指導重點實驗室的建設和運行。
2.編制和組織實施重點實驗室總體規劃和發展計劃。
3.批準重點實驗室的建立、調整和撤銷。與重點實驗室簽訂工作計劃。組織重點實驗室評估和檢查。
第八條 國務院有關部門、地方科技管理部門是重點實驗室的行政主管部門(以下簡稱主管部門)，主要職責是：
1.貫徹國家有關重點實驗室建設和管理的方針和政策，支持重點實驗室的建設和發展。
2.依據本辦法制定本部門重點實驗室管理細則，指導重點實驗室的運行和管理，組織實施重點實驗室建設。
3.聘任重點實驗室主任和學術委員會主任。
4.落實重點實驗室建設期間所需的相關條件。
第九條 依托單位是重點實驗室建設和運行管理的具體負責單位，主要職責是：
1.優先支持重點實驗室，并提供相應的條件保障，解決實驗室建設與運行中的有關問題。
2. 組織公開招聘和推薦重點實驗室主任，推薦重點實驗室學術委員會主任，聘任重點實驗室副主任和學術委員會委員。
3.對重點實驗室進行年度考核，配合科技部和主管部門做好評估和檢查。
4. 根據學術委員會建議，提出重點實驗室名稱、研究方向、發展目標、組織結構等重大調整意見報主管部門。
第三章 建 設
第十條 重點實驗室根據規劃和布局，從部門和地方重點實驗室中有計劃、有重點地遴選建設，保持適度建設規模。
第十一條 科技部公開發布重點實驗室建設指南，由主管部門組織申報。
第十二條 申請新建重點實驗室須為已運行和對外開放兩年以上的部門或地方重點實驗室，并滿足下列條件：
1.符合重點實驗室建設指南，從事基礎研究或應用基礎研究。
2.研究實力強，在本領域有代表性，有能力承擔國家重大科研任務。
3.具有結構合理的高水平科研隊伍。
4.具備良好的科研實驗條件，人員與用房集中。
第十三條 主管部門組織具備條件的單位填寫《國家重點實驗室建設申請報告》，審核后報科技部。
第十四條 科技部組織專家評審后，擇優立項。主管部門組織相應依托單位公開招聘重點實驗室主任和制定重點實驗室建設計劃，審核后報科技部。科技部組織可行性論證，通過后予以批準建設。
第十五條 重點實驗室建設期限一般不超過兩年。主管部門和依托單位提供建設期間所需的相關條件保障。
第十六條 重點實驗室建設計劃完成后，由依托單位提交驗收申請，經主管部門審核后報科技部，科技部組織專家驗收。
第四章 運 行
第十七條 重點實驗室實行依托單位領導下的主任負責制。
第十八條 重點實驗室主任由依托單位面向國內外公開招聘、擇優推薦，主管部門聘任，報科技部備案。重點實驗室主任應是本領域高水平的學術帶頭人，具有較強的組織管理能力，一般不超過六十歲。
第十九條 重點實驗室主任任期五年，連任不超過兩屆。每年在重點實驗室工作時間一般不少于八個月，特殊情況要報主管部門批準。
第二十條 學術委員會是重點實驗室的學術指導機構，職責是審議重點實驗室的目標、研究方向、重大學術活動、年度工作計劃和總結。
學術委員會會議每年至少召開一次，每次實到人數不少于三分之二。
第二十一條 學術委員會主任由依托單位推薦，主管部門聘任，一般應由非依托單位人員擔任;委員由依托單位聘任。
第二十二條 學術委員會由國內外優秀專家組成，人數不超過十三人，其中依托單位人員不超過三分之一。一位專家不得同時擔任三個以上重點實驗室的學術委員會委員。
委員任期五年，每次換屆應更換三分之一以上，兩次不出席學術委員會會議的應予以更換。
第二十三條 重點實驗室由固定人員和流動人員組成。固定人員包括研究人員、技術人員和管理人員，流動人員包括訪問學者、博士后研究人員。
重點實驗室人員實行聘任制。骨干固定人員由重點實驗室主任聘任;其余固定人員和流動人員由骨干固定人員聘任，重點實驗室主任核準。
第二十四條 重點實驗室按研究方向和研究內容設置研究單元，保持人員結構和規模合理，并適當流動。
重點實驗室應當注重學術梯隊和優秀中青年隊伍建設，穩定高水平技術隊伍，加強研究生培養。
第二十五條 重點實驗室應圍繞主要任務和研究方向設立自主研究課題，組織團隊開展持續深入的系統性研究;少部分課題可由固定人員或團隊自由申請，開展探索性的自主選題研究。要注重支持青年科技人員，鼓勵實驗技術方法的創新研究，并可支持新引進固定人員的科研啟動。
第二十六條 自主研究課題期限一般為1-3年。重點實驗室對自主研究課題的執行情況要進行定期檢查，并及時驗收。課題的檢查和驗收堅持“鼓勵創新、穩定支持、定性評價、寬容失敗”的原則。
第二十七條 重點實驗室應加大開放力度，建設成為本領域國家公共研究平臺;并積極開展國際科技合作和交流，參與重大國際科技合作計劃。
重點實驗室應建立訪問學者制度，并通過開放課題等方式，吸引國內外高水平研究人員來實驗室開展合作研究。
第二十八條 重點實驗室應統籌制定科研儀器設備的工作方案，有計劃地實施科研儀器設備的更新改造、自主研制。
重點實驗室應保障科研儀器的高效運轉和開放共享，并按照有關規定和要求實施數據共享。
第二十九條 重點實驗室應當重視科學道德和學風建設，營造寬松民主、潛心研究的科研環境，開展經常性、多種形式的學術交流活動。
第三十條 重點實驗室應當重視和加強運行管理，建立健全內部規章制度。要加強室務公開，重大事項決策要公開透明。嚴格遵守國家有關保密規定。
第三十一條 重點實驗室應當加強知識產權保護。在重點實驗室完成的專著、論文、軟件、數據庫等研究成果均應標注重點實驗室名稱，專利申請、技術成果轉讓、申報獎勵等按國家有關規定辦理。
第三十二條 重點實驗室應當結合自身特點，推動科技成果的轉化，加強與產業界的聯系與合作。
第三十三條 重點實驗室應當重視科學普及，向社會公眾特別是學生開放，每年不少于十天。
第三十四條 重點實驗室需要更名、變更研究方向或進行結構調整、重組的，須由依托單位提出書面報告，經學術委員會論證，主管部門審核后報科技部批復。
第五章 考核與評估
第三十五條 重點實驗室應當在規定時間報告年度工作計劃和總結，經依托單位和主管部門審核后，報科技部。
第三十六條 依托單位應當對實驗室進行年度考核，考核結果報主管部門和科技部備案。年度考核的主要目的是了解實驗室發展狀況和存在的問題。
第三十七條 根據年度考核情況，科技部會同主管部門和依托單位，每年對部分重點實驗室進行現場檢查，發現、研究和解決重點實驗室存在的問題。現場檢查的內容主要包括：聽取實驗室主任工作報告、考察實驗室、召開座談會等。
第三十八條 科技部對重點實驗室進行定期評估。五年為一個評估周期，每年評估一至兩個領域的重點實驗室。具體評估工作委托評估機構實施。
第三十九條 評估主要對重點實驗室五年的整體運行狀況進行綜合評價，指標包括：研究水平與貢獻、隊伍建設與人才培養、開放交流與運行管理等。
第四十條 科技部根據重點實驗室定期評估成績，結合年度考核情況，確定重點實驗室評估結果;未通過評估的不再列入重點實驗室序列。
第六章 附 則
第四十一條 重點實驗室統一命名為“××國家重點實驗室(依托單位)”，英文名稱為“State Key Laboratory of ×× (依托單位)”。如：硅材料國家重點實驗室(浙江大學)，State Key Laboratory of Silicon Materials ( Zhejiang University)。
第四十二條 國家重點實驗室專項經費管理辦法另行發布。
第四十三條 主管部門依據本辦法制定本部門重點實驗室管理細則。
第四十四條 本辦法自發布之日起施行。原《國家重點實驗室建設與管理暫行辦法》(國科發基字[2002]91號)同時廢止。
