第一個體系是流域水環境監測體系。福建省在主要水系設置134個省控監測斷面,在117個主要水源地布設省控監測點,在主要湖庫和城市內河分別設置了11個、29個省控監測點(斷面)。在重點流域的設區市交界斷面、入海斷面建設10個水質自動監測站,實施連續自動監測。各市、縣(區)分別設置市、縣控監測斷面分級監測。
第二個體系是重點污染源監測體系。在152家省重點排污單位安裝在線監控設備,進行連續在線監控。
第三個體系是環境應急監測體系。全省各級環境監測站儀器設備投入從2000年約0.4億元增至目前的2.3億元,88個環境監測站已有75個監測站通過環境監測的計量認證;各級環保部門制定了突發環境事故應急預案,基本形成了覆蓋全省的應急監測網絡。